赵昺接到倪亮的通报大松口气，三旅以伤亡三百多人为代价歼敌四千多人，收降颍州军余部，顺势攻取昌化县，他当然是圣心大慰。下令以孙晋旻岭关守将，率七团和八团镇守旻岭至老竹岭这段徽杭咽喉要道，如此便截断了敌军从西路增援杭州的通路，再命倪亮率九团押解颍州军降军归队。
绍兴这边护军四下出击，三之内收复了所属八县，而董义成部退入太湖后，又遣陆战一旅收复平江府，而随着颍州军的投降，宋军已然从南、西、北三个方向完成了对杭州的包围，东面则是大海，那里也有陆秀夫率领的水军在外海待机。而杭州万户府的四个万户三个已经被团灭，因而临安府可以已是囊中之物。
不过赵昺并没有急于动手，而是将矛头转向驻扎在建康的真定万户军，只有将他们从城中调出来才能给赵孟锦创造战机。当前董义成劫了刘家港，拿下了平江，就是放下了鱼饵。因为在军事上建康是重镇，但是在经济上刘家港却是南粮北运的枢纽，掐着大都的经济命脉，而失了建康只不过是一地的得失，所以他坚信敌真定军必会来争夺太湖，现在已经有迹象表明敌龙湾水军和海道运粮万户府下辖的其它几个千户在向长江口集结。
而其它几个战场打的还算顺利，收复了许多州县，有力的牵制了元军的力量。不过却难以攻取当地的中心城市，这其中有新编宋军武器落后，缺乏攻坚手段外，在野战中仍处于劣势，即便是文祥统领的人数最多的怀恩军仍然难以攻破鄂州城，打成了一场消耗战。
宋军能在短时间内将江南搞得翻地覆，当然有赵昺厚积薄发之故，也常常暗自庆幸忽必烈死的是时候。他当初‘谋算’其的手段高明是高明，却有着诸多不确定的因素，它不像毒药吃了当下就见效，也不像刀子扎进去就见红，谁也不知道忽必烈哪会病发身亡。而偏偏其在死前又干了件大事，给赵昺帮了忙，当然忽必烈的本意却非如此，也是形势所迫。
元朝疆土辽阔素为史家称道，但元朝政局动荡也为史家诟病。之所以动荡，实由版图过大、治理不善所致。由于版图内分布众多部族，而各族及各地区的经济、文化存在着很大的差异，这给有效行政带来实际困难。开国后曾附会汉法，采用中原制度，以图纠弊更新，但仍无法克服此伏彼起的民族矛盾、社会矛盾，加上过度掊克的财政政策激起不断反抗，国势难以稳定。
基于武力开国的蒙古贵族统治者于是又将武力镇压作为治国重要手段，为此建立了军事戍防体系。元朝最高军事机构是枢密院。院由知院、同知、副枢、佥院、同佥及院判、参议、经历、都事等职官组成。另有负责军法狱讼的断事官。枢密院直隶皇帝，其职责是“掌下兵甲机密之务。凡宫禁宿卫、边庭军翼、征讨戍守、简阅差遣、举功转官、节制调度，无不由之”。如遇地方有事需调军出征，则于地方设行枢密院，事已则罢。
由于元朝奉行蒙古至上政策，所以军籍机密唯一二蒙古长官知晓，汉人等不得查看。元朝中枢另有兵部。与枢密院相较，兵部职权相对较，其职掌主要是“掌下郡邑邮驿屯牧之政令。凡城池废置之故，山川险易之图，兵站屯田之籍，远方归化之人，官私畜牧之地，驼马、牛羊、鹰隼、羽毛、皮革之征，驿乘、邮运、祗应、公廨、皂隶之制，悉以任之”，职同军需后勤部门。
元朝的军事戍防，大体可分为中央宿卫制和地方镇戍制两大类。入元以前，蒙古大汗的宿卫是由怯薛担任的。怯薛制度起源于游牧贵族的那可儿（伴当）、亲军。与汉地中央禁军不同，怯薛在草原游牧社会中，不仅是大汗的亲卫，还具皇室家务干部、质子营、贵族子弟训练学校等性质。蒙古汗国军政官员大多由怯薛出任，因而怯薛又有汗国中央政府的功能。
作为皇权的干城，侍卫亲军受枢密院直辖。其功能大致有以下几项：第一，作为常备军，防守两都及附近地区。第二，作为控御地方的中央武力，逢有反叛，出征讨伐。第三，非军事时期，屯田自给军食，减轻国家负担。第四，承任两都营建、修缮等劳役。这不仅成为元廷加强民族间制衡的力量，而且为色目权臣在政治舞台上崛起打下了基础。
入元以后，怯薛权力大为削弱，但作为蒙古传统的皇家卫士之角色依然存留，并受特殊优待。怯薛设长，分四班轮值，并负责宫城守卫和帝室警卫。与侍卫亲军不同，怯薛不隶于枢密院而直属皇帝。不过怯薛也失去了蒙古国时代的大中军功能，非皇帝亲征，很少出征，其军事作用在于与卫军相互制衡。而怯薛与侍卫亲军构成的中央禁军又是控制地方镇戍诸军的平衡力量。
与宋朝“强干弱枝”政策不同，在保持中央精兵的同时，基于治安和国防的需要，元朝在内地重镇及边远要塞派驻了大量军队。忽必烈与谋臣斟定全国镇戍规模，命宗王将兵镇边徼襟喉之地，而河洛、山东据下腹心，则以蒙古、探马赤军列大府以屯之。淮、江以南，地尽南海，则名藩列郡又各以汉军及新附等军戍守，又根据区域、军队的分布，划分若干镇戍区。
所谓汉地，主要指原金朝辖境而言，即河北、山西、山东、河南、辽东、陕甘等地，还包括了四川。灭宋以后，元以宋境为新拓疆域，江南又系当时经济中心，统军大帅伯颜等人审地理之宜，据军事布防需要，拟定留六十三处屯兵所，然后由此分兵，四出镇守。
按元朝镇戍兵力分布，江南因原宋都所在，又是经济发达、人口稠密地区，故置重兵戍守，由宋朝降兵组成的新附军大都驻扎在此。而华南兵力相对较弱，所以遇有反元势力崛起，元廷往往抽调江南兵力支援，以致有时江南兵力为之削弱。
元朝军政建置中镇戍作用的突出是因为元朝在征服汉地、南宋以后，许多地方对异族统治并不认同，反抗活动不断发生，加上元朝在以往所谓羁縻地区推行直接统治，引发当地部族首领激烈反抗；在江南地区过度聚敛则激化了当地的社会矛盾。上述情况的发生使元朝的统治处于不稳定状态，因而军事镇戍对元朝统治者来无疑是必要手段。而为加强对辽阔境土的有效控御，根据蒙古传统的分封习俗，元朝还建立了宗王出镇制度。
所谓宗王出镇，即宗王受封某地，负责该地区镇戍征伐，并代表朝廷监临当地军政。其实这种受封并非实封，是封藩不治藩，仅取“封建之余意”。他们的主要职责在于军事镇戍。所以从名义上讲出镇宗王为镇戍区最高军政长官，但地区行政并不归其管领，行政由行省地方官员掌握。二者的分工在于，出镇宗王重在统军镇戍，而地方行政及部分治安由元朝地方官僚系统控制，正是所谓“镇之以亲王，使重臣治其事”。由此形成戍地、宗派不同的出镇体系。
江南元军经过两次征讨琼州，讨伐安南、占城及远征日本几乎皆是由江南新附军抽调，这些战事使得新附军兵力大损，尤其是征日本就有十五万人殒命大海。而这也可以是忽必烈有意为之，要知道探马赤军人的军需装备，主要由军户自备，不足部分由政府补给。汉军士兵的冬、夏军装和武器，由政府发给，并按月发放口粮，服装的不足部分、其他装备和开支，由本军户和贴户凑齐，定期送到军中。
军户制的实行，可以保证国家有稳定的兵源，又可以维持一支庞大的军队而使政府负担不致过重。而新附军人的装备，全由政府供给，口粮每月米六斗、盐一斤，家属每月每人支粮四斗，可以供给全是由国家财政支付，庞大的数目对于哪个国家都是沉重的负担，忽必烈便将他们当做了消耗品。多年后屯驻江南的新附军数量大为减少。
随着对外战事的减少，忽必烈觉得江南业已稳定，便在至元二十二年，元廷将江淮、江西两行省所辖兵力进行了整编，重新编成三十七个万户镇戍各地，其中又区分为上中下三等，算下来屯驻江南的元军总数也就减少到二十余万，比之从前少了近半。
经过整编后负担是减轻了，但是随之而来的是地广兵少的矛盾便凸显出来，唯一解决的办法就是将有限的兵力部署在重点地区，一般按照府治由万户府镇戍，再分兵驻守所辖的州治，县里一般就由新附军和乡兵组成的尉军担任维护治安，讨贼缉盗的任务，而根据县的等级不同，配置的尉军也由二、三百到上千人不等。
不过蒙古人对新附军十分不信任，不给他们配备兵器，尉军们只能人手一根闷棍，以致在缉盗的时候不但无法抓住盗匪，反被其所伤。考虑到现实情况，经过慎重考虑蒙古人才给大县的尉军配发了十副弓箭，县只有五副弓箭，由此可见其战斗力如何了。
所以尉军吓唬下乡民百姓还凑合，打仗还得依靠镇戍军。这也使得占据偏远地区的宋朝义军得以发展、壮大，而开战后也能迅速收复众多县城的原因。当下赵昺一声令下，江南地区烽烟四起，江南元军顾此失彼，自顾不暇，当然也就难以支援其它地方的战事，只能看着其被宋军逐个歼灭。
另一方面元军各万户府归于枢密院管辖，而枢密院使例由太子或宗王兼任，所以现在是真金兼任枢密使统管各地镇戍军。可忽必烈死了，他又还未能登上汗位，南必皇后又以太后的身份监国，由大汗直领的怯薛军兵权也未能转移到他的手中。
这种种原因使得真金手中的权力大受限制，能够辖制诸位宗王的也就只剩下枢密使这个实职了，而他要想能成功登上汗位就必须抓兵权。但是各个宗王能否支持他尚很难，当下宗王出镇的地区，有岭北、河西、土蕃、云南、江南等地。出镇宗王中，以北边宗王军权在握，权力最大。江淮诸王统军权略为逊色。河西、云南诸王则介于两者之间。
漠北本是蒙古勃兴的根本之地，和林更是昔日帝国首都所在，但在元朝将政治重心南移并定都于开平、燕京以后，漠北失去旧日的辉煌而被视为边徼。然而，元朝皇帝作为名义上的蒙古大汗，必须统有草原地区，使漠北诸王听命于自己，确保该地区政治上不向敌对势力动摇。为此，元朝逐步地加强了漠北地区的军政建置。
至元三年，忽必烈封第四子那木罕为北平王，出镇漠北，统领诸王之军，以防范海都等拒命的西道诸王。至元八年，趁海都与察合台系后王争夺河中地区时，那木罕受命率岭北诸王军队进驻阿力麻里。元朝在不断补充阿力麻里驻军给养、军器等物的同时，又派中书省右丞相安童以行中书省事、枢密院事之衔，前往阿力麻里，以辅佐那木罕，并加强对海都的进攻。
但是，这个出镇体系在至元十三年冬被打破。是时诸王昔里吉等执那木罕、安童叛元，漠北陷入混乱。后经元朝发兵，勘定战乱，但西部防线已向东撤，不过和林仍是漠北戍防重镇，称海等地则设宣慰司管理驻军的屯田、戍防。至元二十一年，那木罕等人获释还朝，又被忽必烈改封为北安王，仍受命出镇岭北，其作为忽必烈的幼子也是汗位最有力的竞争者，而真金要想平安就位就必须得到其它宗王的支持……